Xét nghiệm giải trình tự gen thế hệ mới (NGS) đang mở ra bước tiến đột phá trong chẩn đoán và điều trị ung thư nhờ khả năng phân tích toàn diện hệ gen chỉ trong một lần xét nghiệm. So với kỹ thuật PCR đơn gene truyền thống – chỉ khảo sát giới hạn một số đột biến đã biết, NGS cung cấp cái nhìn toàn diện về bản đồ gen của khối u, từ đó hỗ trợ bác sĩ lựa chọn phương pháp điều trị trúng đích và phát hiện cơ chế kháng thuốc tiềm ẩn.
So sánh phương pháp NGS và PCR đơn gene: Dữ liệu từ nghiên cứu lâm sàng
Một nghiên cứu công bố trên tạp chí Genes, Chromosomes & Cancer (Tuononen et al., 2013) đã tiến hành so sánh trực tiếp hai phương pháp NGS và real-time PCR trong xét nghiệm các đột biến EGFR, KRAS, BRAF từ 81 mẫu mô ung thư phổi không tế bào nhỏ (NSCLC) được cố định paraffin (FFPE). Đây là ba gene đột biến phổ biến có ý nghĩa tiên lượng và định hướng điều trị bằng thuốc nhắm trúng đích.
Kết quả chính:
Chỉ tiêu
NGS
Real-time PCR
Tỷ lệ đột biến EGFR phát hiện được
18.5–24.7%
22.2%
Tỷ lệ đột biến KRAS phát hiện được
30.8%
32.1%
Đột biến BRAF
Không phát hiện (do hiếm)
Không phát hiện
Tỷ lệ tương đồng kết quả
96.3–100%
Số biến thể gen hiếm/phát hiện mới
8 biến thể EGFR ngoài panel PCR, gồm 4 chưa từng được báo cáo
Không có
Phát hiện đồng thời EGFR & KRAS
Có (2 bệnh nhân)
Có giới hạn
Ngoài các đột biến phổ biến như L858R, Del19 (EGFR) hay G12C, G12V (KRAS), NGS đã phát hiện nhiều biến thể quan trọng không nằm trong panel PCR, trong đó có:
Ala767_Ser768insSerValGly (EGFR exon 20): Đột biến liên quan kháng thuốc với TKI.
His773Pro, Val774Met, Pro848Leu: Được ghi nhận hoặc mới phát hiện, có tiềm năng ảnh hưởng đến tiên lượng.
Tyr275Phe, Ala647Thr: Biến thể chưa từng được báo cáo trên cơ sở dữ liệu toàn cầu (dbSNP, COSMIC).
Đặc biệt, bệnh nhân mang đột biến chèn ở exon 20 kể trên đã kháng hoàn toàn với erlotinib, khẳng định giá trị tiên lượng quan trọng của các biến thể hiếm trong quyết định điều trị.
Xét nghiệm giải trình tự gen thế hệ mới (NGS) đang mở ra bước tiến đột phá trong chẩn đoán và điều trị ung thư
Lợi thế vượt trội của NGS trong lâm sàng
Tiêu chí
NGS
PCR đơn gene
Số lượng gene khảo sát
Hàng chục đến hàng trăm
1–3 gene cố định
Phát hiện đột biến hiếm/mới
✔
x
Phát hiện đồng thời nhiều đột biến
✔
x
Hỗ trợ điều trị trúng đích & tránh kháng thuốc
✔
Hạn chế
Thời gian thực hiện
3–7 ngày
4–6 giờ
Chi phí cho 1 kit xét nghiệm
Cao hơn
Thấp hơn
Yêu cầu thiết bị & phân tích
Cao
Trung bình
NGS không chỉ là công cụ phát hiện đột biến, mà còn đóng vai trò như một “bản đồ di truyền” của khối u, hỗ trợ:
Lựa chọn phác đồ cá thể hóa dựa trên đột biến nhạy cảm với thuốc đích.
Tránh điều trị sai hướng ở những bệnh nhân mang đột biến kháng.
Phát hiện biến thể đồng xuất hiện (co-mutations) ảnh hưởng đến hiệu quả điều trị.
Góp phần phát hiện biomarker mới, mở rộng hướng nghiên cứu lâm sàng.
Giải trình tự NGS hỗ trợ bác sĩ lựa chọn phương pháp điều trị và phát hiện cơ chế kháng thuốc tiềm ẩn
Ứng dụng sản phẩm xét nghiệm gen bằng NGS – Giải pháp toàn diện cho cơ sở y tế
Biomics Vietnam cung cấp giải pháp xét nghiệm NGS với những ưu điểm:
Panel tùy chọn theo từng loại ung thư (phổi, đại trực tràng, vú, dạ dày, buồng trứng…).
Thiết kế phù hợp mẫu FFPE hoặc dịch cơ thể.
Phân tích dữ liệu & báo cáo chuẩn hóa, hỗ trợ bác sĩ đọc và ra quyết định nhanh chóng.
Tích hợp phân tích đột biến kháng thuốc, biến thể hiếm, đồng đột biến.
Kết luận
Trong điều trị ung thư hiện đại, việc lựa chọn đúng công nghệ xét nghiệm là yếu tố tiên quyết để mang lại hiệu quả điều trị tối ưu và nâng cao chất lượng sống cho bệnh nhân. NGS không chỉ là một kỹ thuật xét nghiệm, mà là một công cụ chiến lược trong cá thể hóa điều trị, mở ra tiềm năng lớn trong chăm sóc sức khỏe tại Việt Nam.
Chúng tôi cam kết đồng hành cùng các bác sĩ, bệnh viện và cơ sở y tế trong việc triển khai giải pháp NGS tiên tiến, góp phần nâng tầm y học chính xác tại Việt Nam.
Tài liệu tham khảo
Tuononen, K., Mäki-Nevala, S., Sarhadi, V. K., et al. (2013). Comparison of Targeted Next-Generation Sequencing and Real-Time PCR in the Detection of EGFR, KRAS, and BRAF Mutations in Non-Small Cell Lung Carcinoma—Superiority of NGS. Genes, Chromosomes & Cancer. DOI: 10.1002/gcc.22047
Sharma, S. V., Bell, D. W., Settleman, J., & Haber, D. A. (2007). Epidermal growth factor receptor mutations in lung cancer. Nature Reviews Cancer, 7(3), 169–181.
Yasuda, H., Kobayashi, S., & Costa, D. B. (2012). EGFR exon 20 insertion mutations in non-small-cell lung cancer: Preclinical data and clinical implications. The Lancet Oncology, 13(1), e23–e31.